ارزيابي و انتخاب مجله در ISI فرآيند مستمري است كه هر دو هفته يك‌بار، مجلات جديدي به مجموعه داده‌هاي اين موسسه اضافه كرده و يا مجلاتي را از آن حذف مي‌كند. هيئت ويراستاران ISI هر سال به ارزيابي بيش از دو هزار مجله مي‌پردازند، اما معمولا 10 تا 12% آنها را انتخاب مي‌كنند. بعلاوه مجلات موجود در فهرست‌هاي ISI مدام تحت نظارت‌اند تا اطمينان حاصل شود كه استانداردهاي لازم را براي باقي ماندن در عرصه مجلات نمايه شده در ISI حفظ كرده‌اند و هنوز ارتباط روشني با فهرستگان مربوط به خود دارند. دست‌اندركاران ISI عوامل كمي و كيفي متعددي را در ارزيابي مجلات در نظر مي‌گيرند كه اين معيارها عبارتند از:
1. انتشار منظم مجله
2. تبعيت مجله از قواعد بين‌المللي ويراستاري
3. محتوي موضوعي نشريه
4. تنوع بين‌المللي
5. تحليل استنادي
البته قابل ذكر است كه فرآيند كار به گونه‌اي مي‌باشد كه هيچ يك از اين عوامل به تنهايي در نظر گرفته نمي‌شوند، بلكه ويراستاران با تلفيق كردن و مرتبط كردن همه اطلاعات مي‌توانند قوت يا ضعف كلي مجله را تعيين كنند.